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一般造成維他命B12缺乏症的原因，不在攝取而是吸收，皆因維他命B12有獨特的吸收機制，它需要消化道分泌的特殊蛋白質協助才能被吸收，例如口腔可分泌一種名為「蛋白質R」的蛋白質，而胃就分泌蛋白質「內在因子」（Intrinsic factor，IF），它們要與食物中的維他命B12結合後才能有效地吸收，吸收率可達30─70%；相反，沒有這些蛋白質協助，單獨的吸收率只有 1─3%，可見「蛋白質R」及「內在因子」對維他命B12吸收是非常重要的，所以胃部切除者因缺少了胃壁中的「內在因子」，就會出現維他命B12不足而造成惡性貧血。
