北大報告：疆清真寺達2.4萬座
北京大學社科學院人文與社會科學研究院李曉霞完成的《新疆清真寺的數量變化及管理政策分析》研究報告顯示，新疆清真寺經歷「1958年新疆完成了民主改革和社會主義改造，並進行以消滅宗教封建特權和剝削、禁止宗教人士違法活動為重點的宗教制度改革。清真寺有的被群眾自發拆除，有的自然坍塌，還有部分在公社化時期被集體佔用或拆毁」。
報告提到，「文化大革命期間，黨的宗教政策遭到破壞，大量清真寺被佔用或拆除」，「1990 年 9 月自治區頒布《宗教活動管理暫行規定》，宗教事務部門對宗教活動場所丈量面積並進行審核註冊，發土地使用證和房產產權證，承認其合法性。對未經政府宗教部門批准建立且屬多餘的，以及不符合其他登記條件的500多座清真寺，予以封閉或改作他用」。
報告指部分清真寺因鄰近學校被拆
報告又稱，「2000 年，在和田地區，鑑於許多清真寺離學校太近，有的與學校僅一路之隔，寺內講經聲對學生直接造成影響。為了給學校一個良好的教育環境，有關部門責令拆除學校附近的清真寺，易地重建。截止到7月，和田地區于田縣、和田縣對距離村委會、鄉村中小學100米以內的107座清真寺進行拆除，其中5座改作他用。」
稱以承擔主麻為準 寺數減2/3
該報告還統計南疆喀什、和田和阿克蘇三地清真寺數量，顯示喀什地區1950年代初有清真寺12,918座，至1978年銳減為593座，但至1990年增為9190座，2012年為9783座。和田上述時間段的清真寺分別為7051座、1636座、3886座和4339座；阿克蘇則分別為3534座、291座、3102座和3358座。全疆清真寺數量在上述時段分別為29,500座、2930座、22,949座，至2009年報告引述官方發布的《新疆的發展與進步》白皮書數字為24,300座。與2020年9月外交部發言人汪文斌引述的2.4萬清真寺數量相仿。
報告表示，「對於清真寺數量的統計，有一種說法，只有承擔主麻(穆斯林每周五舉行的聚禮活動)功能的宗教活動場所才為清真寺，小的只用於日常禮拜活動的場所一般只有領拜人員，屬於活動點，並不在清真寺的統計範圍內。這是一些國家清真寺數量統計的標準。如果以此方式計算，新疆的清真寺數量會減少三分之二左右。」
澳智庫：1.6萬座遭拆或破壞
去年，澳洲智庫澳洲戰略政策研究所(ASPI)發布題為《追踪新疆維吾爾和伊斯蘭空間被摧毀的軌迹》(Tracing the destruction of Uyghur and Islamic spaces in Xinjiang)的報告，指從衛星照片發現，約1.6萬座清真寺被拆除或破壞。報告估計有8500座清真寺被徹底摧毁，破壞最嚴重的情况主要在首府烏魯木齊和喀什市中心以外地區。報告稱新疆地區有三分之二清真寺受到破壞，大約50%受保護的文化遺址遭破壞或摧毀。
