菲律賓南部海域經常有海盜出沒，最近一次發生在上月9日晚，一艘漁船在民答那峨島(Mindanao)三寶顏市(Zamboanga)附近遭5名懷疑海盜襲擊，8位漁民死亡，2名船員跳海逃生，被途經汽艇救上岸，5人則逃往附近所羅門群島沿岸。

另新加坡8頻道去年11月11日消息，在菲南海域，一艘越南貨船的5名船員遭阿布沙耶夫槍手綁走。阿布沙耶夫(Abu Sayyaf)是由伊斯蘭恐怖分子組成的摩洛人分離主義組織，成立於1991年，活躍在菲南島嶼，他們頻繁製造爆炸襲擊，殺人擄掠燒教堂，又通過大規模綁架外國遊客索取贖金，還與政府軍爆發多次武裝衝突，目前成員約400人。

菲南還有一支武裝叫「蘇祿軍」，成員多是前蘇祿王國遺民。1946年二戰結束，蘇祿王國主權撥歸菲律賓，蘇祿遺民棲身菲南，自此取回領土也成為部分蘇祿人的「義舉」，他們不時從菲南赴馬來西亞沙巴襲擾，也被視為該海域的大患。