世衛的資金來源一直為人詬病，以2018年總值29億美元的預算為例(圖)，當中有5億來自成員國固定供款，僅佔整體約17%；有22.9億則是富有國家、基金會及企業等的自願捐款，捐款者可指定款項用途。 由於世衛過於依賴自願捐款，令其衛生議程更易受金主掣肘，組織內部及全球專家多年來一直主張推行改革。 目前世衛接納的自願捐款大多數都有指定用途，變相令美國及蓋茨基金會等最主要的捐款者有能力左右其衛生議程。 以蓋茨基金會為例，該組織向來是世衛最大的非國家捐款者，其重點項目之一包括消弭仍維持「國際公共衛生緊急事件」狀態、俗稱「小兒麻痺症」的脊髓灰質炎。 根據世衛2018至2019年度的財政報告，「消弭全球脊髓灰質炎倡議」是獲批最多預算的項目，達9億美元，其中接近全數來自指定用途的自願捐款，而蓋茨基金會佔27%，是該項目的最大捐款者。 美國喬治城大學公共衛生法律教授戈斯坦認為，有需要提升成員國繳交會費的比例，為世衛提供充足資金，減低富國或企業過度的經濟影響。然而，各國迄今對增加會費的提案仍有所抗拒。 美國是世衛最大的捐款者，不過，特朗普政府近日制定2021年財政預算案時，提出將全球衛生撥款減30億美元，其中對世衛的捐款將大減一半，在兩黨均引起爭議。 世衛總幹事譚德塞去年12月接受《科學》期刊訪問時，亦坦然承認世衛依賴主要捐款者的風險：「若其中一個主要捐款者拒絕繼續提供資金，世衛或遭受嚴重衝擊，就像依賴石油的國家般。」他續指世衛已制定投資計劃吸引新捐款者，而自願捐款亦有輕微增長。
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