傳染源的入侵會觸發人體的免疫系統，人體的免疫系統可分為：
（一）先天免疫系統（Innate immunity、又稱為非特異性免疫、固有免疫、非專一性防禦等）
（二）後天性免疫（Adaptive immunity、也稱獲得性免疫、適應性免疫、特異性免疫、專一性防禦等）
先天性免疫系統包括一系列細胞和相關機制，是與生俱來的，有效的運作是不倚賴曾經接觸過傳染源，不需辨認入侵者而能立刻作出適當的反應，以非特異性(non-specific) 的方式抵禦外來感染，先天免疫系統的細胞會非特異地識別並抗拒病原體。
先天免疫系統有一系列的第一線屏障、阻止傳染源的入侵和繁殖，包括：
( 一) 物理性屏障(Physical Barriers)物理性屏障阻物止傳染源入侵人體，包括：
（甲）皮膚：人體最大的物理屏障是皮膚，有最大的表面面積及遮蓋身體大部份外表面；
（乙）口、呼吸道、消化道和泌尿道的黏膜；
（丙）支氣管的纖毛：組成一個黏液纖毛運輸工具將致病源從呼吸道排出。
只要這層物理性屏障沒破損，絕大部份傳染源不能入侵人體，但一旦這層屏障破損( 例如皮膚割傷或燒傷等)，受感染風險便會提升。
( 二) 生理性屏障(Physiological Barriers)對入侵的致病源作出生理反應，將它們排出人體外，包括：
（甲）嘔吐和腹瀉( 將致病源排出消化道)；
（乙）打噴嚏和咳嗽（將致病源排出呼吸道）。
( 三) 化學性屏障(Chemical Barriers)
（甲）身體部份位置的酸鹼值（pH value，由1 至14 度，7 度為中性，數字愈低代表酸性愈高、數字愈高則代表鹼性愈高。）
人體大部份部位的酸鹼值是7.4：
● 皮膚的酸鹼值是5.5、
●胃液的酸鹼值是1 至3、
●陰道的酸鹼值是4.4、
●尿液有調節人體酸鹼值的功能，所以酸鹼值會隨實際情況而有不同，平均是6、但介乎4.5 與8 都屬正常。
這麼低的酸鹼值（酸度）令傳染源難於生存，尤其是胃液的酸度也會將傳染源的蛋白質的性質改變。
（ 乙） 抗菌分子（antimicrobial molecules）：人體多個器官和組織含抗菌分子，可將傳染源殺死，包括：淚水、唾液和黏膜所含的免疫球蛋白A（Immunoglobulin A、簡稱IgA）；皮脂、汗液和尿液所含的溶菌酶（Lysozyme）；黏膜所含的黏液；上皮細胞所含的β- 防禦素（Beta-defensins）；消化道所含的胃蛋白酶（Pepsin）等。
( 四) 生物性屏障(Biological Barriers)
對抗傳染源的生物性屏障主要是人體內正常的細菌菌群（bacterial flora），牠們是不會致病的微生物，存活在人體多個具戰略性的位置：與外界環境接觸的位置，包括鼻咽、口腔、喉嚨、皮膚、消化道、陰道等。
牠們與可致病的細菌和病毒為附着位點（attachment sites）和資源等競爭及甚至可能會製造抗菌化學物質等，牠們也會為人體製造必須的維他命( 例如維他命K 和維他命B12) 等。
