「從六四開始，從軍隊向學生開槍的時候開始，這個政權、這個國家、這個軍隊已經變質了，標誌性地變質了。」除了文革，戚本禹還經歷了1989年六四運動。當時他已刑滿釋放3年，仍在上海圖書館工作。他反對開槍，是源自1950年5月初入中南海時毛澤東的「絕對不准向群眾開槍」批示，令他記憶深刻。明報記者
指89學運「第二次文革」
1989年4月前中共總書記胡耀邦逝世，北京民眾紀念胡耀邦的紀念活動轉變成學潮，上海等中國多個大城市的大學生亦有同樣行動。「那時上、下班沒有公共汽車坐了，只好每天夾在人堆裏，在學生遊行隊伍邊上走，邊走邊聽他們宣傳反貪污、反腐敗、反壟斷、反官倒，追查鄧小平兒子壟斷性的康華公司，追查趙紫陽兒子倒賣電視機，我覺得青年學生們革命、正義。」戚本禹說，他自己沒有參加遊行，也沒有公開表態，「因為我一參加、一表態，右派就會利用這件事攻擊學生運動，他們就會說學生運動是所謂文革餘孽指揮的」。
戚形容89年學運為「第二次文革」，「儘管有一些學生受西方影響，有些人在聽美國指令，但在整個運動中，這仍然是個支流。老百姓有自己判斷是非的標準，老百姓把學生運動視為反貪腐、反對國家向資本主義轉化的正義行為」。他指出，「自由化」亦要區分，若是打倒特殊階層的自由化，就是進步的自由化。
講到這裏，戚本禹提起一件往事，他剛入中南海沒幾天，就聽到領導傳達毛主席一個重要批示。當時中共剛建政不久，某地民眾因對糧食高徵收不滿，與當地政府爆發衝突，政府調來軍隊，並稱「這場衝突有國民黨特務的介入」，向毛請示是否開槍？毛當即批示「絕對不准向群眾開槍」。戚本禹說，他當時很震驚，因為國民黨主掌中國時，向民眾開槍以及拘捕遊行示威學生的事時有發生，戚本禹當時也參加過學生運動，「一遊行，國民黨就抓人，特務們甚至用土狼牙棒打學生，這種土狼牙棒就是在木棍上釘了釘子，往學生身上一打，就會把被打者身上的血肉拉下來，很淒慘，我親眼看到過」。
所以戚本禹覺得，毛澤東說「絕對不准向群眾開槍」是他在中南海上的第一堂政治課，使他覺得毛澤東領導的黨、政府和軍隊是真正為人民服務的，「跟隨毛澤東幹革命準沒錯」，而六四事件之後，他覺得政府轉變為特殊化利益集團服務，軍隊、坦克也是保護特殊利益集團，讓他非常痛心。
至於重慶前市委書記薄熙來，曾被前總理溫家寶暗批走文革道路，戚本禹則不同意，認為薄熙來未算搞文革，做的只是「政客行為」。「他利用毛主席這個牌子，不一定他真正能夠按毛主席的路線做」，「他表面上也想用毛主席這個旗幟爭取一些群眾，達到他奪取權力的目的」。
記者又問他怎麼看香港「佔領中環」，他即時答道「佔中就是反動」，又叫記者應該多宣傳「大陸像母親一樣幫助香港」。
指佔中反動
他又談到「一國兩制」，說﹕「香港能獨立嗎？怎麼獨立法？」他認為，「一國兩制」是一個過渡期，無論是香港還是台灣、澳門，最終會走向社會主義，「這是不可抗拒的規律，只有社會主義才能救這個世界。香港因得天獨厚，和新加坡一樣，沒中國能有香港嗎？」
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