治療紅斑狼瘡取決於患者的症狀和已出現的併發症，如同治療其他的疾病，醫生會與患者商討(一)應否服用藥物及(二)需要的話，服用何種藥物，及評估每種藥物的益處及弊處。由於紅斑狼瘡的症狀時會發作及消退，所以醫生需要按病情的變化而更改所用的藥物或劑量。
治療紅斑狼瘡常用的藥物
1.非類固醇消炎藥：紅斑狼瘡是一種病因不明的慢性炎症，使用非類固醇消炎藥能控制關節的疼痛、僵硬及腫脹和發燒，不過長期服用非類固醇消炎藥會導致胃出血，及增加患上腎病及心臟病的風險，所以，患者必須定時覆診。
2.類固醇：類固醇具強力的消炎作用，能有效控制因紅斑狼瘡導致的慢性炎症，不過長期服用類固醇會導致體重上昇、容易碰瘀、及增加患上骨質疏鬆、高血壓、糖尿病及細菌感染的風險，患上副作用的風險與服用的劑量及時間有直接的關連，所以患者必須定時覆診。
3.抗瘧藥物：用來治療瘧疾的羥氯喹也可控制因紅斑狼瘡導致的慢性炎症，副作用包括較常見的腸胃不適及罕見的視網膜病變，所以患者必須定時作眼睛檢查。
4.免疫抑制藥物：紅斑狼瘡屬自身免疫疾病，即患者體內的免疫系統錯認自己的器官及組織具破壞性而加以攻擊，導致該器官及組織受到損壞。症狀嚴重的患者可能需要服用副作用較多及較嚴重的免疫抑制藥物，患者更須定時覆診跟進。
輔助及補充療法可能對某些患者有好處，不過患者應先與醫療團隊商討使用這些療法的益處及弊處、及會否對正服用的藥物產生相互作用而影響療效和增加副作用的風險。
可能有用的輔助及補充療法
1.魚油：魚油所含的奧米加-3脂肪酸有消炎作用，但服用魚油補充劑的效果並不一致，醫生會建議患者多吃魚，但服用魚油補充劑前請先向醫生查詢，尤其是同時需要服用薄血藥物的患者，因為會增加出血的風險，但吃魚則不會有此風險。
2.脫氫表雄酮(簡稱DHEA)：含這荷爾蒙的補充劑能減少患者服用類固醇的劑量，副作用包括暗瘡、鬍子增多、降低「好」膽固醇的水平等，曾患乳癌、子宮癌、卵巢癌或前列腺癌或屬患上這些癌病高危人士都不應服用含這荷爾蒙的補充劑。
3.維他命D：研究發現紅斑狼瘡患者體內維他命D的水平較低；體內維他命D水平較高的患者的症狀較輕、而發作的次數較少；患者在冬天發作比夏天較多；服用維他命D補充劑能減少發作的次數及減輕發作時的症狀。不過，研究結果並不能證實低維他命D會導致紅斑狼瘡、或服用維他命D補充劑能預防或醫治紅斑狼瘡，所以，患者不要服用維他命D補充劑替代醫生處方的藥物。由於陽光會誘發紅斑狼瘡及令症狀惡化，所以，患者參與戶外活動時都應穿著防曬衣物，包括闊邊帽、長袖衫、長褲等，並塗上適當的防曬霜等，因此，患者不能從曬太陽攝取足夠的維他命D，故必須向醫生查詢服用維他命D補充劑的建議，尤其是需要服用類固醇的患者，因為類固醇會增加患上骨質疏鬆的風險。
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