牛奶過敏是嬰幼兒最常見的食物過敏，大約2% - 7% 的嬰幼兒及兒童存在牛奶過敏的情況。這是由於人體免疫系統對牛奶蛋白的過度反應引起的。母乳和一般配方奶餵養都可能造成牛奶蛋白過敏，當寶寶對牛奶發生過敏反應的時候，完全回避牛奶蛋白，症狀就會消失。
上海兒童醫學中心臨床營養科主管營養師趙卓琦指出，首先，母乳是最好的食物，對於確定是由純母乳餵養引起的過敏，如果只是有輕度的過敏症狀，媽媽還是可以堅持母乳餵養，配合藥物治療以及母親回避過敏食物（比如常見七大過敏食物：小麥、牛奶、雞蛋、花生、堅果、魚貝類、大豆），同時乳母媽媽需要補充鈣。
如果過敏症狀得到了改善，那母乳還是值得堅持的，如沒有好轉，甚至導致了兒童營養不良、生長髮育遲緩、低蛋白血症等，則需要改用特殊配方粉（在醫生或營養師的指導下選擇合適的配方），因為寶寶長期過敏容易出現營養不良。
需要指出的是，寶寶一旦確認為牛奶蛋白過敏，食用了深度水解奶粉或是氨基酸配方粉。父母們在餵養時不要輕易把奶量降低，影響寶寶的營養需要。由於此類配方粉和普通配方粉的區別就在於把蛋白質進行了分解，由整蛋白結構分解從適度水解 - 深度水解 - 游離氨基酸結構。其他的宏量營養素和微量營養素沒有改變。特殊的製作工藝既提高寶寶胃腸道對於營養素的吸收利用率，又降低了牛奶蛋白過敏的風險。特殊配方粉的全營養素，符合中國膳食推薦營養攝入量的標準。
