魚體內的污染物主要來源於地理環境和人類活動造成的環境污染。越是食物鏈頂端的魚，污染物含量就越高。在魚類的各種污染物中，危害最大的是汞，它會侵犯人體中樞神經系統，造成語言和記憶障礙等，對胎兒和兒童尤為明顯，可能會影響智力。
有調查發現，魚肉中蓄積的汞含量排序為：魚頭> 魚皮> 魚肉> 魚籽，這有道理嗎？不同種類的魚，汞含量差異巨大，含量低的只有幾微克/ 公斤，高的超過1 毫克/ 公斤，並且還受生長條件、生長周期影響，因此不能一概而論。即使魚頭和魚皮的汞含量略高，但是可以吃的部分比魚肉少得多，危害自然就沒那麽大了。
魚類遭污染還能吃嗎
即使魚類有遭受污染的可能，吃魚仍利大於弊。研究發現，吃魚有助於保護視力、降低心臟病風險、促進發育、保護皮膚、提高腦力和精子數量、預防哮喘和關節疾病等。美國食品和藥品管理局於今年初發布的魚類消費建議指出，成年人每周應食用2 - 3 份低汞魚或貝類，約227 - 340 克( 烹飪前的可食部重量)。常見低汞魚包括鱈魚、鮭魚、羅非魚和鯰魚等；應盡量避免食用的7 種高汞魚為墨西哥灣的方頭魚、鯊魚、旗魚、橙鯛魚、大眼金槍魚、馬林魚和大鯖魚。多項調查數據顯示，中國魚類含汞量不比國外高，因此不必過於看重「進口魚」。
有報道稱，為了讓魚快速生長，一些養殖戶會使用激素，這是真的嗎？到底是養殖魚好，還是野生魚好？法律規定，養魚禁用激素，更何況用了激素，魚也未必會長得更好。養殖魚一般會用到抗生素，只要合理使用，殘留很少，對人體健康的影響基本可以忽略。需要提醒的是，不少人吃魚追求野生，認為其味道鮮美、營養豐富，事實並非如此。而養殖魚由於食物充足，生長周期較短，因此累積的重金屬污染物相對較少。
有的魚嘗起來有煤油味，網上披露說是為了在運輸過程中保持魚的存活率。其實運輸過程中為了保持魚鮮活，有的商販會加入孔雀石綠，不過這是非法的，也不會產生煤油味。煤油味或其他異味，可能是魚本身來自被污染水體，或運輸過程中受到污染，也可能是商販加入汽油等化學物質刺激魚活動造成的。具體原因很難推測，但只要魚出現異味，就一定存在問題，消費者不應購買、食用。
怎麽吃魚將風險降到最低
除了魚的種類，魚齡和體型越大，體內積聚的有害物質就可能越多。建議買魚選個頭八分大左右的，如鯉魚和武昌魚以1斤半、鯽魚0.5 - 1 斤、草魚4 - 5 斤的為宜。吃魚種類應盡量豐富些，有條件的話還應多吃些蝦、蟹、蠔等貝類。可以通過望、聞、按來挑選魚：好的魚應該是魚眼飽滿凸出，角膜透明清亮、富有彈性，魚身有透明的黏液，鱗片有光澤，且與魚體貼附緊密，未有脫落，腹部未膨脹；聞一聞魚鰓，海水魚應該具有鹹腥味，淡水魚則是土腥味，如果有酸味或煤油味等異味，就不要購買了；最後，用手指按壓一下魚身，好的魚肉質結實有彈性，指壓後凹陷立即消失。
烹調方法方面，蒸最為健康；煮或燉位居其次，部分營養可能會流失於湯水中；如果將魚油炸，損失可就大了，不僅破壞DHA 這類不飽和脂肪酸，使魚失去低脂優勢，還容易產生有害物質。需要提醒的是，魚籽由於膽固醇較高，「三高」人群最好少吃或將其剔除。
