近10年來，方舟子每年都能佔據內地新聞的重要版面，引發的話題也頻成焦點。方成名於「學術打假」，在科普寫作過程中，反中醫、批法輪功、基督教；最近，在基因改造問題上，他又與內地著名電視節目主持人崔永元打起名譽權官司。方舟子說，自己不是一個「以和為貴」的人，這種性格令他四面樹敵。在內地不少公知(自由知識分子)眼中，方扮演「為黨分憂」的角色；但在基因食品問題，方又因持支持基因改造被「左派」怒斥為「美帝走狗」；網民則直接稱他是「人渣」。對此，方舟子接受本報專訪時稱，自己是帶着使命感從事科普工作，以期提高國民質素推動社會轉型，「腦中有科學，心中有道義；這是我的人生信條」。明報記者
在剛過去的周日(27日)下午，方舟子在廣州簽名發售新書時，有人忽然從三樓擲下一樽礦泉水，方頭部被擊中擦傷。
「這十多年來，我因為學術打假和科普等行為，得罪了很多人。」方舟子說，「恨我的人，可能比支持我的人還多。」方似乎對此不以為意，「我要防的，是那些可能會過來攻擊我的人。那些在網上罵的，也沒多大傷害，大不了我不搭理就是」。
2010年8月29日，方舟子在北京家門口遇襲。兩名男子先向他面部噴辣椒水，後用出鐵槌擊中其腰部。後經法院證實，此案是曾被方批判過的人買兇傷人。
被礦泉水樽擊中後，方舟子說﹕「我槌子都經歷過了，還會怕一瓶水？他們對我採取暴力襲擊，只能反映其內心的怯懦。」
1967年9月，本名方是民的方舟子生於福建雲霄縣。方舟子於1985年考入中國科技大學生物系，獲細胞生物學士學位。1990年，方留學美國密歇根州立大學，1995年獲頒生物化學博士學位。如今，持中國護照、美國綠卡的方舟子，穿梭於中美之間。近年大部分時間住在內地。
1994年，方舟子創辦了「新語絲」網站，主要發表文學和科普作品。1999年，法輪功被中共指為邪教組織並取締後，方舟子加入了批判行列，並斥之為偽科學。此後，他又在網上頻頻揭露內地學術界的造假行為，聲名鵲起。
「揭露學術造假，我連自己的母校、校友都得罪了。」2009年，方指控母校中國科技大學招生舞弊，又揭露時任校長侯建國涉嫌侵吞他人科研成果。不留情面批評母校，令他獲得「大義滅親」的美譽；但2011年4月底，方舟子妻子劉菊花一篇寫於2002年的論文亦被指涉嫌抄襲，曾引起強烈反響。2012年3月，上百人聯名上書社科院，要求調查。對此，方卻選擇了迴避。
方舟子說：「中國的學術環境不好，主要是官本位主義作怪，學術論文數量很大，但是水分很多。實際上，我們揭露學術造假，每年大概有100多人，但受到調查或處分的很少。」
如今，方舟子的「論敵」無數，但他似乎不以為意，「做這些批評前，我早有心理準備，罵我的也是意料之中。我還是要通過揭露和批評，使這個社會健康發展，做事肯定會得罪人，但提高國民科學素養，推動社會現代化轉型，我自己有種使命感」。
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