李遠哲從1978年開始多次訪問大陸，先後見過趙紫陽、鄧小平和江澤民，他形容趙紫陽「很溫和、很有理性」，他當時向趙建議要增加科研基金，趙答應了，但一直到江澤民時代，基金都未有增加。李遠哲還稱讚鄧小平是有歷史眼光、掌握世界發展脈絡的人物。 倡增科研基金 趙答應江冷淡 「我在中南海，我還記得我太太問他(趙紫陽)說，聽說你們薪水400塊錢，怎麼夠生活呢？他說，有很多油水，他說中南海拿東西用，都是免費的。」1970年代末，李遠哲隨美國國家科學基金會代表團第一次到大陸。「我跟科學基金會的主席一起去見他(趙紫陽)，想說服他中國應該把更多的錢花在科學的研究、科學家的培養上面。那時候科學基金委員會每年只花1億(人民幣)，他就說『3億也不多，增加3倍也不多』。」李遠哲憶述，所有人聽到這句話都很高興，以為大陸的科學基金會增加。 數年後，李遠哲再到北京見到國家主席江澤民，「我還是跟他說，中國這麼大的國家，應該對科學的研究、科學家的培養多花一點錢。你前幾年用1億，現在還是1億。江澤民就說，『李教授，我們石油產量都不少，但是人口很多，一除就沒有了。』我跟江澤民說，江主席你不要只用除法，你應該用乘法，如果1個人拿1塊錢做研究的話，中國12億人口應該有12億，不是1億。」李遠哲很失望的是，江澤民當時並無反應。 鄧談兩岸問題 「下代解決」 李遠哲指出，鄧小平對在六四所做的決定和讓少數人富有起來等做法，很多人不認同，但相對於其他人，鄧小平比較有歷史眼光，像談到中日關係時，鄧說「我們跟日本不好也只是最近50年的事，1000年來我們還處得不錯的」，談到兩岸問題時也說「留給下一代去解決」。
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