海軍金江艦誤射雄三飛彈事態嚴重，人在洛杉磯的蔡英文總統和國安會祕書長吳釗燮，在事發後10分鐘獲報，並於美西時間6月30日晚10點(台北時間7月1日中午1點)以保密通訊方式，緊急召開臨時國安高層會議，聽取國安會報告。蔡英文要求以最快速度查明真相，並徹底檢討。
剛抵洛城 指示查真相
政院方面，行政院發言人童振源表示，林揆昨遣副院長林錫耀南下，掌握事態發展；今則坐鎮台北，要求國防部、陸委會和外交部相關單位上午10點到政院報告，釐清事情，進一步了解相關處置。
蔡英文「英翔之旅」才抵洛杉磯1個多小時後，就發生誤射事件，當時蔡英文正與美眾議員羅伊斯等政要乘車前往希爾頓飯店途中。事態緊急，國防部在確定誤射後即向國安會負責國防業務的副祕書長陳文政、及代理吳釗燮的副祕書長陳俊麟回報，陳俊麟火速通知與蔡英文隨行祕書長吳釗燮，吳再報告蔡英文，此時距事件發生不到約10分鐘。
僑宴之後 與軍方熱線
待蔡英文接受僑胞歡迎進飯店後，吳釗燮隨即向蔡英文簡報，當時還無法確定飛彈落點是否在海峽中線外，蔡要求國安會、國防部進一步了解，務必妥善因應。
由於蔡晚間參加僑宴，台灣方面由陳文政和陳俊麟在國安會先召集緊急會議，因應處理各種可能危機，並與軍方熱線，隨時將最新情況彙報在洛杉磯的高層。
僑宴結束，蔡即在當晚10點召開臨時國安高層會議，與會者包括吳釗燮、總統府副祕書長劉建忻，透過保密通行方式聽取陳俊麟報告。
府院動員 林全沒閒着
政院人士昨還原林全掌握情勢指出，林全早上9點多知悉後，國防部長馮世寬也致電說明，政院與國安會、國防部均保持聯繫。
該人士指出，誤射飛彈早就確定，但船難是11點多才知，為求慎重，林全中午指示副院長林錫耀、國防部副部長李喜明南下高雄處理相關事宜及慰問家屬。政院人士說，林下午到現場查看漁船後，向林全回報與飛彈誤射有關，隨後國防部開記者會前，派部長辦公室主任熊厚基赴立院向林全報告記者會說明內容，國防部晚上7點半則再上火線開記者會。
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