台灣九合一選舉連同十項公投合併投票，但因為中央選舉委員會安排不周，讓投票亂象百出，引起爭議。這是首次有公投過關，以核養綠、反核食、反同等議題高票通過。童清峰
台灣九合一選舉投票亂象百出，中央選舉委員會事先規劃不周，投票時間緩慢，導致投票時間截止後，發生有投票所繼續排隊、有的投票所因投票完畢開始開票的狀況，民眾罵聲連連，以些微三千多票輸掉選舉的國民黨台北市長候選人丁守中就很不服氣，向中選會提出「選舉無效」訴訟。中選會主委陳英鈐宣布請辭負責。
今年公投綁大選結果，總計共有十件公投案與九合一大選於十一月二十四日合併投票，結果出爐，一口氣過了七案，這也是台灣史上首度有公投過關，包括反同婚、「以核養綠」(指用核能作為穩定基本電力來源為前提，進一步去發展風力發電、太陽能等綠能)等，等於是民眾對蔡英文重要政策的直接大反彈，施政違逆民意，這正是民進黨這次慘敗的主因。
今年公投百花齊放，打破所謂的「鳥籠公投」，關鍵在於去年《公投法》修正通過，全面鬆綁公投提案、成案及通過門檻，原先千分之五的門檻降到萬分之一，也下修公投年齡到十八歲，提案門檻為一千八百七十九人、連署門檻為二十八萬一千七百四十五人，過關難度降低。
公投法通過門檻為同意票大於不同意票，且同意票達四百九十三萬多票。
這次過關的公投案包括「以核養綠」、反空污、反深澳電廠、反核食、專法保障同志權益、民法婚姻規定應限定在一男一女結合，以及國中小不應教同志教育等七案。
國民黨所提出的反空污、反核食、反深澳電廠公投的同意票都達七百萬以上；「下一代幸福聯盟」提出的愛家三公投獲得的同意票也在六百萬以上；以核養綠的同意票近六百萬。
東京奧運正名公投雖未過關，卻是不同意票與同意票數相差最近的公投案，讓志在參加東奧的運動員鬆了一口氣。婚姻平權二公投的不同意票壓倒性超過同意票，與愛家公投的結果幾呈反比，台灣「反同」大獲全勝。
依《公投法》規定，屬於重大政策的公投案通過後，「應由總統或權責機關為實現該公民投票案內容之必要處置」。民眾等著看蔡政府如何面對這股反政府力量。
行政院長賴清德指出，面對公投問題，行政院將秉持三個原則處理，一是尊重公投結果；二是每項公投結果會牽涉立法和行政，後續行政院會與國會執政黨團充分討論；三是一定要依照《公投法》第三十條相關法定程序，完成後續工作。
「以核養綠」案過關將綠營反核神主牌吹得搖搖欲墜，引發政府是否廢除二零二五年達到非核家園政策，重新考慮以核能發電為選項的討論。但問題是第四核電廠燃料棒已於七月四日送回美國原廠，新台幣三千多億元(約一百億美元)泡湯，核四正式走入歷史，如何重啟核電？媒體追問核一、二、三廠後續是否都有機會延役？賴清德未正面回應。
不再為非核家園設期限
在民意壓力下，行政院發言人Kolas二十七日表示，依照全民公投結果，不再為非核家園設定二零二五年的期限；但政府依然可以積極開發再生能源，重點是電力要足夠、供電無虞。環保團體呼籲政府回歸專業評估，不要被政治左右。
台灣被稱為是亞洲對同志最友善國家，每年秋天都會舉辦號稱亞洲規模最大的同志遊行，今年更有超過十三萬人參與，但平時在媒體發聲量很高的挺同勢力顯然不敵社會沉默的大眾，由台灣宗教界所發動的愛家三公投，包括「婚姻規定應限定在一男一女的結合」、「以專法保障同性婚姻」、「在國中小，不應對學生實施同志教育」全過關，顯示台灣民眾普遍不能接受同性婚姻。
大法官會議去年五月做成解釋，認為《民法》有違憲法保障人民婚姻自由、人民平等權，要求法務部在二年內修法，保障同婚權利，但對於該修《民法》還是另訂專法，挺同及反同兩派爭論不休，蔡英文兩方都不敢得罪，索性停擺擱置婚姻平權議題。公投結果出爐後，反同挺同勝負已定，行政院表態將在三個月內提出專法版本送到立法院審議，立專法與修民法之爭暫告落幕。下一代幸福聯盟理事長曾獻瑩表示，這是所有重視家庭價值及下一代教育的全體民眾的勝利，民眾以一張張的同意票，告訴執政當局什麼才是主流的民意。
教部會繼續推動性平法
至於很多家長關心學校過早教授的「性平教育」問題，教育部的回應是，第十一公投案是著眼在國中、國小階段要不要實施「同志教育」，因此，後續教部會檢視相關法規、內容，確認有無必要調整同志教育，但不影響教部持續推動性平法，消除性別歧視。
東奧正名未過關，對台獨勢力有壓制作用。選前，國際奧會(IOC)三度致函中華奧會，關切此公投，並提醒改名需經過IOC執行委員會核准，否則可能依據奧林匹克憲章處分。這也逼得行政院表態，強調政府立場就是保護選手在國際賽事的參賽權，正面鼓勵民眾投反對票。
台灣可能可以保住「中華台北」的奧會會籍，但推動正名公投還是得付出代價。中華奧會秘書長沈依婷表示，提案公投團體先前前往中華奧會抗議，以及中華奧會主席林鴻道遭公投提案團體提告，都有可能被視為「干預外力」，而使中華奧會遭受懲處。反核食進口重創台日關係。據日本共同社等媒體報道，日本官房長官菅義偉在例行記者會上指稱，台灣消費者尚未能完全信任日本福島等五縣的食品安全一事，「令人極度失望」，「我們將利用一切可能機會，要求(台灣)盡早解除禁令」。
反核食公投影響台日關係
美國退出TPP(跨太平洋夥伴協定)後，日本等十一國發起的CPTPP(跨太平洋夥伴全面進展協定)明年一月啟動，台灣一直爭取加入，日本雖支持，但反核食公投過關，勢影響日本的態度。
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