內地在2003年SARS之後建立「中國疾病預防控制信息系統」(直報系統)，但這套系統並無在此次新冠肺炎疫情中及時發揮作用。《新京報》發現，在疫情初期，武漢的醫院並無採取直報，而是上報上級疾控機構或衛健委，其後武漢衛健委多次調高疫情直報權限，疑因此錯失預警時機。 截至2011年底，上述由中央和地方投資共建的直報系統，已覆蓋全國所有疾控機構、98%的縣級及以上醫療衛生機構和88%的鄉鎮衛生院。按照2007年的《全國不明原因肺炎病例監測、排查和管理方案》，各級各類醫療機構的醫務人員如發現有關病例，「應立即報告醫療機構相關部門，由醫療機構在12小時內組織本單位專家組進行會診，仍不能明確診斷的，應立即填寫傳染病報告卡，註明『不明原因肺炎』並進行網絡直報 」。一旦直報，全國任何一級的疾控機構都能看到信息，並啟動早期監測和預警。 官方認可的疫情上報第一人、湖北省中西醫結合醫院呼吸與危重醫學科主任張繼先稱，她在去年12月26日發現多宗不明原因肺炎病例後，首先報告給該院的感染控制科、醫務部及院長，醫院隨後上報區疾控中心。12月29日，該院組織專家會診，當日向湖北省、武漢市衛健委報告相關情況，兩級衛健委隨即指派人員到該院進行流行病學調查工作。另一家後被指定為新冠肺炎收治點的武漢市中心醫院情况類似，也由院內專家會診疑似病例後匯報至市、區疾控中心。當醫院詢問是否應該上報傳染病報告卡，疾控中心讓該院「等上級通知」。 直至1月4日，武漢衛健委下發「不明原因病毒性肺炎指導手冊」，當中對上報的規定與上述2007年版方案相同。但次日規定改變，要求院內專家會診後先上報區衛健委，由區級專家會診，不能排除後再上傳傳染病報告卡。隨後報卡門檻不斷提高，由區級到「省市聯合報卡」，再到「經區、市、省級逐級檢測，仍為不明原因肺炎後，經省衛健委同意才能網絡直報」。此外，傳染病報告卡要求明確填寫上報疾病病因。武漢一家三甲醫院醫師稱，由於新冠肺炎為新發病毒，一開始無相關病種選項，也造成上報困難。1月24日，在疫情明確「新冠」病名並被納入法定傳染病乙類管理的4天後，命名為「新冠肺炎」的疫情網絡直報始成功上報。 直報系統僅是覆蓋了全國醫療衛生機構，而據《求是》雜誌2月披露，國家主席習近平在1月7日的中央政治局常委會議上，就對疫情防控工作提出了要求，中央可能是收到了地方衛健委等機構的上報而獲悉疫情，與直報系統並無直接關係。
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