日本學者及不少論者認為，小保方晴子的萬能細胞研究造假風波，令日本學術界研究水平不足，甚至在缺乏監督下輕率發表「驚世」論文、旨在爭取經費的不良風氣曝光於人前。 《每日新聞》早前取得有關研究的相關文件，顯示研究人員在小保方論文審核過程中，未能解釋細胞活動的異常變化，並在後期修訂中刻意刪去論文削弱研究結論的數據。指導研究的笹井芳樹卻表示對研究細節不了解，亦無查閱審核意見。 諾獎得主曾被指揑造圖像 理研顧問山本佑康指出，類似未達水平的研究手法「太普遍」。不少論者批評，日本高等學府粗製濫造出成百上千水準低落的博士，年輕科研人員從未學過如何詳細記錄實驗室筆記，或是對假設提出質疑等研究方法，即使日本學術界重量級人馬亦因此受質疑：諾貝爾醫學獎得主山中伸彌，被指在2000年一篇幹細胞研究論文中揑造圖像，雖然他否認造假，卻無實驗室筆記佐證。 有學術界人士認為，研究機構面對極大資金壓力，需要以高調驚人的學術成果來證明預算用得其所，是問題論文頻生的原因之一。 理研腦科學研究所創辦人、倫敦帝國理工學院神經科學家科諾菲爾(Thomas Knopfel)指出，理研希望在影響力大的期刊上發表文章，背後主要是受個人野心及利益驅使。如承認監督流程有誤，政府便可能削減預算。與弄清事實相比，研究機構「更關心減少損害與推卸責任」。 紐約時報/每日新聞
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