慢跑雖然是個很好的運動，但慢跑並不是唯一的健身、增進體能方式，也不是每個人都適合。 適當的慢跑，可加強心臟血管系統的功能，但是現代人在物質享受越來越多，身體活動量卻越來越少的情況下，常常各種文明病上身而不自知，冠狀動脈心臟疾病就是其中之一。因此如果有心臟疾病的危險因子，例如高血壓、高膽固醇、糖尿病、肥胖、吸菸、運動量不足、家族史、A型人格特質等，或者是過去在運動中、或運動後曾經出現不適症狀的人，都最好及早接受治療、並聽取醫師的建議後，再決定自己是否適合慢跑、或一次可以慢跑多久的時間。 若已確定患有心臟疾病，則必須接受運動測驗，來判斷病情的嚴重程度，及安全的運動強度、運動時間等，否則引發心肌缺血、心律不整、或其他併發症的機會很高。如果是最大攝氧量或運動能力很低、輕度運動便出現心肌缺血症狀、運動心電圖的測量結果很差、運動時血壓太低或無法適當升高、曾發生心肌梗塞又出現心肌缺血、運動時心跳無法適當增加、運動時會出現心率不整、有兩條以上冠狀動脈嚴重狹窄等現象的人，表示冠狀動脈心臟病比較嚴重，慢跑時不可過於劇烈，甚至不適合自己亂做運動，最好接受治療之後，再與醫師討論適合的運動及運動強度。 下肢體格或體能有瑕疵的人，較容易發生運動傷害，也比較不適合慢跑。例如跟腱太短或太緊，常慢跑容易產生跟腱炎；O型腿的人，慢跑容易引起大腿外側長脛束摩擦症候群，導致外側膝蓋疼痛；臏骨容易左右晃動的人，先天肌肉力量較弱，也比較不適合慢跑。如果不知道自己是否有下肢體格或體能上的瑕疵，但慢跑過後容易有疼痛或不適症狀，這是身體正在提出警訊，表示出現不適的部位可能有些問題，趕快加以治療或矯正之後，才可運動。 其他有些人在運動時可能引起腹痛、支氣管痙攣或過敏等問題，也必須在找出原因之後，再繼續慢跑、或選擇其他適合的運動。
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