任何治療方法都可能出現副作用，但不是每一個人都會出現副作用、或出現相同的副作用，雙膦酸鹽的副作用取決於多個不同的因素，包括：(一)所服藥物的種類、(二)藥量、(三)服用時間的長短、(四)服用的方法：口服還是注射、(五)患者的整體健康等。副物作用可於服用後任何時間出現：當開始服用時、剛服用後、幾天後、甚至幾個星期後。大部份副作用在停止服用後會消退，但有些副作用可能持續一段時間、甚至可能是永久的。當出現疑似副作用的症狀時，應盡快告知醫護人員，讓他們確診是否真的發生副作用、或是因其他毛病引起的，若真的出現副作用，醫生可能要將藥量減低、或轉換另一個藥物或治療的方法。

以下是服用雙膦酸鹽的患者最常感覺到的副作用，有些人可能會感覺到所有的副作用，但有些只感覺部份、甚至完全沒有任何副作用，而有些人可能感覺不同的副作用：

(一)骨痛：有些人在初次服用雙膦酸鹽時會感覺骨痛，這個副作用通常只是短暫的，患者可能需要同時服用較強的止痛藥、直至骨痛消退。

(二)消化毛病：包括噁心、嘔吐、腹瀉、胃灼熱、肚絞痛等。症狀通常都是輕微的，可用適當的腸胃藥減輕症狀，患者亦可將藥量分早晚兩次服用，也可在服藥後的一、兩小時內不要躺下，除了延釋利塞膦酸鹽藥片(Actonel DR)外，其他雙膦酸鹽藥片都不能與食物一同服食，若症狀嚴重，醫生可能要將藥量減低；雖然雙膦酸鹽會刺激食道，但現有的數據認為雙膦酸鹽並不會導致食道癌。

(三)流感般症狀：有些人在服用雙膦酸鹽後不久會有類似感染了流感的症狀，包括發燒、戰抖、頭痛、肌肉疼痛等，這個副作用較罕見，多數是在接受靜脈注射後二十四至四十八小時出現，且通常的短暫的，常用的退燒止痛藥(例如泰諾止痛片Tylenol等)能有效舒緩這些流感般症狀。

(四)低血鈣水平：這個副作用非常罕見、且是短暫的，若有懷疑，醫生會為患者驗血，查看血液的鈣水平。

(五)腎功能衰退：雙膦酸鹽可能會影響腎功能，但這個副作用少見及通常都是輕微的，由於腎功能衰退通常是沒有症狀的，所以，醫生會為正服用雙膦酸鹽的患者定時驗血，檢查腎功能。使用經靜脈注射雙膦酸鹽較多出現這個副作用，所以在接受每一劑注射前應驗血量度腎功能、並保持體內水份充足、並為高危病人(例如長者、本已患有腎病、正處於缺水狀態、正服用利尿劑或會影響腎功能的藥物等)跟進腎功能，本已患有嚴重腎病的人不宜使用經靜脈注射雙膦酸鹽，除非是用來治療因癌病引起的高血鈣症(tumour-induced hypercalcaemia)、而使用這個治療方法的好處遠超可能出現的副作用。

(六)皮膚出疹：這是對藥物的過敏反應，應立刻停止繼續服藥、並通知醫生。

(七)顎骨壞死(osteonecrosis of the jaw bone)：這個罕見的副作用較多見於長期接受經靜脈注射的雙膦酸鹽(例如唑來膦酸zoledronic acid或帕米膦酸鹽pamidronate)、並需要接受牙科手術的患者，口服雙膦酸鹽是很少會導致顎骨壞死的，顎骨壞死的症狀包括顎骨疼痛、牙齒脫落、齒齦毛病等，由於雙膦酸鹽可能是醫治某些患者的主要方法，所以，需要長期接受這些藥物的人於接受治療前應由牙醫先作檢查，並在治療期間定時接受牙科檢查，確保沒有出現問題。